2007年9月，彭锦根被任命为公司总裁，遇到的挑战也随着职位一同升级。

在上任总裁之初，彭锦根遇到了创始人离开管理岗位和其他几位高管离开公司的特殊挑战，可谓公司管理层巨变。所以团队重组马上成了头等大事。彭锦根坦陈，以前做CFO也是要发挥团队的作用，而现在做总裁，则要发挥更高级团队的作用，这种人才战略资源的调配是以前所没体会到的。

同时，彭锦根也将更多的时间由企业内部管理转向面对外部客户，包括工业客户和政府客户等。此时，彭锦根更加能够体会任何企业决策者所遇到的困惑——发现市场需求和财务风险之间的矛盾。“我现在很多时间是跟客户和竞争对手打交道，在敏锐发现市场需求的同时，再把这些机遇带回公司里，我的财务理念要求规范、谨慎、控制风险、结果有效，但怎样结合才能满足快速竞争中的财务理念呢？”

举例而言，公司的市场经理在外面因为发现了某些市场机遇而违背了财务规范，同时公司财务执行又非常严格。这时如何协调“花钱”和“省钱”的矛盾呢？CFO出身的彭锦根最清楚彼此的难处，而其解决之道也颇具智慧。

在技术层面，如果涉及票据额度及预算问题，那绝对是刚性的、不可商量的；但在风险评估角度，比如资金回收风险、信用风险等，会让财务团队参与市场部与客户的谈判。“共同打前线，对我们的市场部人员也是支撑。跟对方讲如果这样的预算会对工程和服务质量有什么影响等，相互融合形成决议。”而在战略层面，财务体系要不断和业务经理层沟通持久竞争力的含义，因为公司的预算管理程序非常多，一个项目必须是事前和事后各报预算，经常遭致业务经理层的抱怨，比如“没有价值创造的空间”等，这时彭锦根就强调规范流程是必须的，无论是对公司长期发展与好处，对那些技术型出身的经理们，如果能运用好的财务管理体系，对他们自身的竞争力发展也将大大提高。

在香港中文大学攻读会计学研究生期间，彭锦根对郎咸平在授课中所讲的一个观点深有体会。郎咸平在谈到为何中国和美国的企业长期竞争差距大，其中有一条原因是西方的职业经理人大部分都受过MBA教育，而且教材都比较一致，彼此相通，所以西方企业的管理层沟通成本很低。而在在中国本土并非如此。

“从目前来看，我们公司的经理层都可以用财务语言表述业务，跟战略结果匹配度如何等等，都用数据说话。”多年努力没有白费，这让彭锦根尤其欣慰。

如今身为总裁的彭锦根最大挑战就是：知道机遇在哪，但怎么做到把市场机遇转化为财务结果？如何匹配资源来实现目标？。“比如之前我们业务只要集中在污水处理领域，但现在随着水资源的短缺问题日益严重和政府监管力度和要求的加强，水回用、污泥处理、臭气处理领域市场前景广阔。企业的目的是创造顾客、满足客户的需求。每项业务我们都要根据客户的需求建立经营的模式，匹配不同的资源，同时得到良好的经营结果具有很大的挑战。”