中国政治的发展历程中，从明代至清代，历史上习惯于将它作为一个独立的比较完整的历史阶段进行研究。这一历史阶段上承2000余年封建制度的发展，下启半殖民地半封建社会的开端。就国家审计的发展而论，这500多年也自成一个阶段。由于服从于高度集权的封建专制主义政治的需要，审计机构基本上隶属于作为监察系统的都察院，基本上保证了国家审计的权威性。

明初中央国家机关的设置，基本上仍然沿用宋元旧制。在中央朝廷，设置中书省总行政、都督府主军事、御史台掌监察，三大府在主管范围内拥有较独立的职权，其中以中书省的权力最重。在地方上由行中书省总揽一省的军政监察司法事务，权力也较为集中。但是，当明王朝已经建立并初步巩固以后，这套组织形式就显得愈来愈与高度中央集权的政治制度相矛盾了。朱元璋继承并发展了中国封建社会历代最高统治者的治国秘诀之一，即在国家体制上极力做到中央权重，地方权轻；君主集权，臣僚分权；君主对重要事项拥有决策权，亲自驾驭国家机器运转的权力，而各部门的职权则必须做到互相制约和监督。因此，洪武十三年(1380年)，丞相胡惟庸案发之后，朱元璋借机对中央朝廷的官制进行了全面的、大幅度的变革和调整。

当时中央官制的改革主要包括以下几方面的内容：第一，撤销中书省和丞相一职；第二，提高六部的官秩职权，直接由皇帝领导指挥；第三，改御史台为都察院，改大都督府为五军都督府，使行政、军事、监督三权相互独立。至此，相沿一千多年的宰相制度销声匿迹，封建专制主义中央集权政治已达到登峰造极的程度。作为政治制度的一个组成部分，明代的审计制度也随之发生一些变化。从审计制度的类型考察，明代的审计发展可以分为两个阶段，前一个阶段，是比部时期，大致从明初至洪武二十三年，即沿用唐、宋旧制，由比部独立行使外部审计职权。后一个阶段，从洪武二十三年至明末，为都察院的审计体制实施时期。

洪武元年(1368年)，依唐宋旧制在刑部之下设总部、比部、都官部、司门部四司，其中比部改为刑部第二司。比部设郎中，员外各一人，主事六人。洪武二十三年(1690年)，始分刑部四部为河南等十二部，历时一千余年的比部审计制度自此消亡。

洪武二十三年，外部审计由都察院和六科给事中行使。宣德十年(1435)，在都察院下设十三道监察御史，分别负责全国各地的政治经济监察。在财计审计方面，监察御史“职责纠劾百官，辩明冤枉，提都各道，为天子耳目风纪之司”，（《明史》卷73《职官二》）“巡视仓库，查算钱粮”。可见，御史审计的重点在仓库部门的钱粮出纳方面。除都察院系统的各种御使以外，明代还以六科给事中在京行使部分审计职权。十三道御使与六科给事中在当时被合称为“科道之官”。六科，即依六部分设吏、户、礼、兵、刑、工六科，稽查六部百司之事。其中，负责审计事宜的是户科。

都察院的御史和六科的给事中在具体职务上有一定的分工。一般而言，都察院的御使是着重监察审计全国的官吏和一般机构，六科则是按吏、户、礼、兵、刑和工六部的业务进行对口监察审查，二者的关系是一种相辅相成的关系。

“清沿明制”。清朝结合满族的特点和需要，基本上沿袭明代的政体。中央以内阁为全国最高行政机关，以六部为政务执行机关。雍正八年(1730年)，设置军机处，直接由皇帝控制，总揽全国军政、民政、财政大权，另设都察院负责全国政治经济的监察工作。

清代在审计制度建设方面较之明代有所继承，也有所发展。主要表现在，虽然分设御吏、给事中之官，但整个外部审计集中于监察机构——都察院，开创了由监察系统全面负责审计工作的体制。当时称之为“台省合一”。

总的说来，无论中央或地方官厅，凡经费出纳，皆受都察院监察；各官厅所作报告，均须呈都察院审核稽考。这些审计事务一般由都察院户科和工科负责办理。

历史有时会出现奇特而有趣的现象。从不同的视角审视同一历史进程，可能会出现很不相同的、甚至迥然不同的景观。清朝的国家审计机构虽然不具有专业性，较之唐代是一个倒退，但它没有重复和并列的情况，具有明显的单一性和统一性的特点。它不仅是中国有史以来审计机构多头重复的有益发展，而且为近代中国国家审计的建立奠定了基础。如果从上述意义上与过去进行比较，它确实是中国审计史上的一个高峰。但是，当我们将这个高峰移到全世界的坐标系上，就出现了完全不同的态势和景观。在这一段时期，西方国家正在经历产业革命和政治革命，不仅生产力突飞猛进，而且民主的浪潮一浪高过一浪。在国家审计领域，英国、法国和美国先后开始从民主政治的新层次上探索、建立和发展现代国家审计制度。如果以国家现代化为宏观背景，对东西方同一时期的国家审计进行比较，中国所取得的成就显然是黯然失色了。中国国家审计经过漫长封建社会的洗礼、折腾、浮沉和荣损，在后来的现代化进程中，已经落后了一个历史时代，犹如衰颓的老翁，失去了其原有和应有的活力和生机，而西方国家审计已经在工业革命的催化和社会变革的孵化，以及相对成熟的经济责任机制的条件下，开始在制约政府职能、加强民主政治方面龙腾虎跃、扶摇而上了。