然而，国会却担心，如果采纳了减少主计长的权力的建议，它自己也可能受到削弱，因此，当时的改革是在一个更加保留的基础上进行的。

会计总署初建时，共有职员1，700人，负责合法性审计、审查行政部门职员的诚实性、审查是否严格遵守总署制定的会计格式和程序。必要时，向国会报告工作，协助国会履行其职责。审计工作集中在华盛顿地区，职员多为律师和会计官。

1936年第一任主计长麦卡尔任期告终后一段时期，主计长职位暂时空缺。罗斯福总统经过一次流产的努力以后，于1940年提名林赛·沃伦(LindsayC.Warren)担任。沃伦是北卡罗来纳州人，自1925年起，就担任国会议员，不仅担任过行政部经费委员会主席，而且是1939年改组法的起草人。他就任主计长以后，不愿意在任何方面修改其权力，但积极谋求与行政机关的合作，避免30年代所发生的争论和苦恼。同时，他还努力与国会密切合作，共同探讨改进行政工作，并向国会各委员会提供各种资料。从此，会计总署的作用发生了较大的变化。

截止1945年，美国政府拥有101家大型公司，其中大部分完全为联邦政府所有。但由于许多公司是自筹资金，与每年拨款程序无干，因而不受国会的控制。第二次世界大战期间，这些公营公司缺乏财务控制和效率低下成为突出的问题。针对这一情况，哈里·F·伯德(HarryF.Byrd)负责的委员会在进行一系列调查后建议，公营公司也应接受会计总署的审查。其结果，国会于1945年颁布的《政府公司控制法案》。该法要求总署娉请职业会计师，运用民间审计技术，对公营公司进行年度审计。尽管所有这些业务对于会计总署来说，并非完全陌生，但毕竟不同于往常。会计总署缺乏必需的、技术全面且熟练的审计人员，因此，主计长沃伦迅速建立了公司审计部，并呼吁美国注册会计师协会推荐在私营部门工作、具有丰富的民间审计经验的合格人材。当时担任协会秘书长的约翰·凯里(JohnCarey)推荐了T·科尔曼·安德鲁斯。安德鲁斯出任公司审计部主任伊始，就对公营部门的审计工作进行了设计，并在评价财务管理和内部控制效率方面，做了许多有益的工作。在沃伦和安德鲁斯的带动下，会计总署不仅成功地扩大了它所实施的审计范围，而且成功地实现了扩大范围审计工作的预期目的。

1945年的《政府公司控制法案》是一座重要的里程碑，它预示着美国国家审计工作的重点将转向经济性、效率性审计和综合审计上，因而为会计总署输入了新的思想和实践。

1949年，政府行政部门的组织研究委员会提出国家审计制度是过时的和累赘的，是应该现代化的时候了。他们认为，国会既然在创立会计总署时宣称它将独立于行政机构，并在《1945年立法机关改组法案》中特别强调指出“会计总署是政府立法部门的一部分”，就不能安排它承担许多实际上属于行政事务的工作。该委员会建议，应于财政部长之下，设置会计长，负责制定会计程序和会计标准。接着，委员会马上指责会计总署的作法，批评它要求每一笔财务开支凭证和有关资料，都要报送华盛顿总署，以备审查和结帐。该委员会建议，不必再将所有收支凭证和有关资料都送往华盛顿，而应考虑改用抽样审计法。以代替全部的详细审计法。

1950年，国会又颁布《预算和会计程序法》。该法的第一部分将1921年预算和会计法中有关预算的各种规定赋予新内容，使之更富有弹性；第二部分概述联邦政府的会计目的，并规定主计长应在与财政部长和预算总局局长协商之后，“制定行政部门应遵守的会计原则、标准和有关要求……”。现行有关政府帐册、支用经费和开立帐目的制度由财政部长和主计长共同协商修正。该法进一步强调主计长有权依照“公认审计原则”，对政府机关的会计程序和控制进行审查，不再实施详细审计。为了壮大审计队伍，总署开始在华盛顿地区以外其他联邦政府机构派驻审计人员。

数十年来，会计总署再次将其努力方向转到“项目效果审计”，即确定是否正在接近预期结果或效益，是否正向立法机构或其他权力机关规定的目标前进，被审机构是否考虑了以较低成本达到预期效果的其他可供选择的方案。促进这种转变的动力来自两个方面。一是来自会计总署主计长埃尔默·B·斯塔茨。自1966年接受了为期15年的任命以来，斯塔茨将自己在预算总局任职中所积累的工作经验运用到他的新职务中，谨慎而坚定地带领会计总署向着对项目效果进行评估的方向前进。为了达到他的目标，他以经济方式对原来按行政方式组建的会计总署进行了改组，设立若干局、处，分别负责各项专业业务、人事和内部事务。尤其引人注目的是，斯塔茨减少传统的法律和会计专业职员，重视聘用具有各种专业技术的人才，如工程师、电子计算机专家、系统分析家和管理人才。

促使会计总署改变职能方向的第二个动力来自国会。当时，自由党正为防务费的急聚上升而忧心忡忡，保守党则对日益扩大的社会福利系统的开支而叫苦不堪，所以，无论是自由党人还是保守党人，均对项目效果评估的立法问题表现出极大的兴趣。此外，由于越南问题和水门事件，国会越来越重视确保制定和执行政策所需要的信息来源的独立性。这种因素也是促使美国会计总署扩展其审计职能的原因之一。1967年，美国国会发出了第一个要求会计总署对项目效果进行评估的指令。当时，国会议员温斯顿·普劳蒂建议，会计总署不仅应审查经济机会署的财政收支系统的完整性、财务状况的真实性和管理业务的效率性，而且应审查该组织经办的项目和有关活动在何种程度上达到了《1964年经济机会法案》规定的目标。1969年，由亚伯拉罕·里比科夫主持的政府经营委员会的听证会，曾就美国会计总署作为国会信息来源的潜在能力进行了广泛的讨论。最后的结论认为：“许多国会成员和本委员会长期以来一贯认为，……如果会计总署集中力量进行项目效果评估、审查经济活动和提供新的建议，其工作将会更有意义、更为有用”。

美国将崭新的审计主题和题材带进国家审计领域，是功不可没的。经济性审计、效率性审计和项目效果审计的兴起，遂渐改变了传统上一直采用财务审计的倾向，推动了世界范围内对于绩效审计的探索。美国作风和美国特色的实践，不仅显示了新阶段的特色，而且使美国取代英国，受之无愧地成为新的历史条件下领导立法模式国家审计派别走向新世纪的领袖。

美国会计总署现任审计长查尔斯·A·布什在追忆美国国家审计的发展历史时指出:（汤云为：美国政府审计现状，《审计研究》1986年第五期，p.24.）

开始时，美国会计总署实际上是一个会计机构，我们审核所有的付款凭单，确定这些付款是否得到批准。第二次世界大战以后，联邦政府的规模越来越大，我们担负起第二个责任——财务审计。当时的审计长林赛·沃伦不想按第二次世界大战以前的样子重建会计总署，而是将它建成一个从事财务审计的机构。他认为，将来应由行政机构来担任会计的职能。到了1966年，埃尔默·斯塔茨当了审计长，他又把工作推进到了项目效果审计，即不仅检查财务方面的问题，还要检查这些项目获得的效率性和效果性。——这就是我们今天的现状。”

在采用立法模式国家审计制度的现代国家中，起步较晚、发展较快且成熟较早的是美国。美国开创了现代国家审计中财务审计与绩效审计相结合的传统。这一结合为国家审计的发展开辟了新的、无限广阔的道路。现在，在国家审计领域，运用绩效审计的概念和方法来审查政府行政部门和公营企业的经济性、效率性和效果性，已受到世界许多国家的普遍重视。